Đầu nguồn sông Stanislaus bao gồm ba ngã ba sông ở vùng cao Sierra Nevada, thuộc các phần của quận Alpine, quận Calaveras và quận Tuolumne. Middle Fork 46 dặm (74 km) là nhánh sông lớn nhất và đôi khi nó được xem là một phần của dòng hạ lưu chính. Dòng chảy của sông Nó bắt đầu tại khu vực hoang dã di cư của Rừng Quốc gia Stanislaus, cách Đèo Sonora khoảng 5 dặm (8,0 km) về phía tây 9.624 foot (2.933 m). Nó chảy theo hướng tây bắc rồi đến hướng tây, tiếp nhận Clark Fork bên dưới Dardanelle, trước khi tiếp nhận hồ Donnell và hồ Beardsley, cả hai hồ này đều được hình thành bởi các đập thủy điện. Bên dưới đập Beardsley, dòng sông tiếp tục chảy về phía tây đến nơi hợp lưu với North Fork tại Camp Nine, đây là một khu vực bơi lội và câu cá nổi tiếng gần Hathaway Pines.[4] North Fork dài 31 dặm (50 km) tăng lên trong khu vực hoang dã Carson-Iceberg và chảy theo hướng tây nam nói chung đến hợp lưu của nó với Middle Fork, đi qua một số đập thủy điện nhỏ. Trong hầu hết chiều dài của chúng, cả hai ngã ba đều chảy trong các hẻm núi sâu qua địa hình hiểm trở, có nhiều rừng rậm.[5] Tổng chiều dài của sông Stanislaus, đo từ miệng sông đến đầu của Kennedy Creek trong khu vực hoang dã di cư, là khoảng 150 dặm (240 km).

Sự hợp lưu giữa Middle và North Fork đánh dấu sự khởi đầu của sông Stanislaus. Nó chảy về phía tây nam qua một hẻm núi đến Hồ chứa New Melones Lake rộng 12.500 mẫu Anh (5.100 ha) ở chân đồi Sierra Nevada, tạo thành ranh giới giữa Quận Calaveras (phía Tây) và Quận Tuolumne (phía Đông). Tại hồ chứa, dòng hợp lưu này có sự tham gia của South Fork nhỏ, xuống 42 dặm (68 km) từ Sierra Nevada về phía đông. Phần lớn Quốc lộ 108 (Xa lộ Sonora Pass) chạy song song với South Fork, cũng như phần trên của Middle Fork, liên kết với một số cộng đồng nhỏ ở thượng lưu lưu vực sông Stanislaus. Ở cuối phía dưới Hồ New Melones là Đập New Melones cao 625 foot (191m), đây là đập cao thứ sáu ở Hoa Kỳ, được hoàn thành vào năm 1979 để kiểm soát lũ lụt, tưới tiêu, sản xuất thủy điện và quản lý nghề cá.[3] Bên dưới New Melones, sông chảy qua Hồ chứa Tulloch nhỏ hơn trước khi đến Đập Goodwin, đập lâu đời nhất trên sông (hoàn thành năm 1913), nơi lượng nước lớn được chuyển hướng phục vụ cho việc tưới tiêu.[6]

Giảm kích thước đáng kể, sông Stanislaus rời chân đồi chảy vào Quận nông nghiệp Stanislaus tại thị trấn Cơn sốt vàng lịch sử của Knights Ferry. Dòng sông này nằm song song với Quốc lộ 120 khi chảy theo phía Tây vào Thung lũng Trung tâm, qua Oakdale, thị trấn này là thị trấn lớn nhất trên sông, dọc theo rìa phía bắc của khu vực tàu điện ngầm Modesto. Tại Riverbank, dòng sông bắt đầu hình thành biên giới Quận Stanislaus (phía Nam) và Quận San Joaquin (phía Bắc). Tại Ripon, nó bị cắt ngang bởi Quốc lộ 99. Bên dưới Ripon, sông Stanislaus chảy theo hướng Tây - Tây Nam qua một vùng trũng được gọi là River Junction, trước Công viên Tiểu bang Tưởng niệm Caswell. Con sông Stanislaus hợp lưu với sông San Joaquin tại một điểm khoảng 2 dặm (3,2 km) về phía đông bắc của Vernalis và 5 dặm (8,0 km) về phía nam của Manteca, 75 dặm (121 km) phía thượng lưu (phía nam) của cửa sông lớn hơn tại Vịnh Suisun.

Lưu lượng

Sự dẫn dòng nước để tưới tiêu và điều tiết bằng các hồ chứa đã làm giảm đáng kể dòng chảy trung bình của hạ lưu sông Stanislaus, hoạt động này nhằm giảm thiểu các biến đổi theo mùa và tăng dòng chảy cơ sở vào mùa khô.[7]Cục Khảo sát Địa chất Hoa Kỳ (USGS) dẫn lưu tại Ripon, cách 15 dặm (24 km) từ miệng sông, đã ghi nhận lưu lượng nước hàng năm là 1.008 foot khối trên giây (28,5 m3/s) từ năm 1941 đến năm 1978; sau khi đập New Melones được xây dựng, lưu lượng nước hàng năm từ năm 1978 đến năm 2013 là 855 foot khối trên giây (24,2 m3/s). Lượng nước đạt đỉnh cao nhất trước năm 1978 là 62.500 foot khối trên giây (1.770 m3/s) vào ngày 24 tháng 12 năm 1955,[8] và trung bình hàng tháng thấp nhất là 0,635 foot khối trên giây (0,0180 m3/s)vào tháng 8 năm 1977.[9] Sau khi con đập được xây dựng, đỉnh cao nhất là 7.320 foot khối trên giây (207 m3/s) vào ngày 28 tháng 2 năm 1997,[10] trung bình hàng tháng thấp nhất là 139,1 foot khối trên giây (3,94 m3/s) vào tháng 9 năm 2016.

Lưu vực sông Stanislaus cống 1.075 dặm vuông Anh (2.780 km2) [11] và được chia thành hai phần riêng biệt - lưu vực sông phía trên núi, nơi bắt nguồn dòng chảy của nó và phần lưu vực phía dưới hẹp, phát triển mạnh dưới hạ lưu, nơi dòng nước chảy qua Thung lũng San Joaquin. Theo truyền thống, đập Goodwin được xem là ranh giới phân chia giữa lưu vực trên và dưới.[12] Độ cao của lưu vực sông từ dưới 15 foot (4,6 m) tại nơi hợp lưu với sông San Joaquin đến hơn 10.000 foot (3.000 m) ở vùng cao Sierra Nevada.[13] Lượng mưa hàng năm thay đổi từ 20 inch (510 mm) trong các vùng thung lũng đến 50 inch (1.300 mm) trở lên ở độ cao lớn hơn; ở độ cao trên 5.000 foot (1.500 m) hầu hết lượng mưa rơi xuống dưới dạng tuyết.[14]

Phía thượng nguồn sông gồm 90 phần trăm tổng diện tích khu vực và cung cấp tỷ lệ tương xứng dòng chảy sông. Trải dài từ chân đồi đến các vùng núi cao của Sierra Nevada, nó bao gồm các hẻm núi và rặng núi hẹp gồ ghề với độ cao trung bình của địa phương là 2.000 foot (610 m) trở lên từ sông đến vành.[5] Phần lớn lưu vực này ở độ cao lớn, với 40  phần trăm tổng diện tích trên đường băng tuyết vào mùa đông.[12] Lượng mưa trung bình ở toàn bộ lưu vực trên là 46,8 inch (1.190 mm).[15] Phần lớn lưu vực phía trên là đất gỗ thương mại hoặc phần đất chưa được phát triển, với các khu vực nông nghiệp, trang trại chăn nuôi quy mô nhỏ và các đồng cỏ núi phía trên.[16] Các khu vực có độ cao lớn hơn chủ yếu là phần đất của Cục Lâm nghiệp liên bang và vùng hoang dã được chỉ định, trong khi các độ cao ở giữa là sự chắp vá đất của tiểu bang, liên bang và tư nhân.[17] Phần lớn diện tích đất gỗ tư nhân đã bị chặt phá theo dạng bàn cờ khiến môi trường sống của động vật hoang dã bị chia cắt rất nhiều.[18]